A differenza di Levanzo e Favignana, che nei corsi dei secoli hanno subito una tremenda deforestazione, Marettimo gode di una flora rigogliosa. Possiamo definirla un vero e proprio paradiso botanico.
Probabilmente questa fortunata condizione è dovuta alla lontananza, alla sua natura impervia e selvaggia, difficilmente plasmabile dall’uomo.
A Marettimo sono presenti più di 500 specie, tra cui la D. Oleoides, l’erodium maritimum, il timo di Marettimo, il cavolo delle Egadi, il rosmarinus ifficinalis, la finocchiella di Boccone, il garofalo rupicolo, l’iberida florida, l’erica multiflora che sono tipiche dell’isola e non presenti in altre parti della Sicilia.
Sulla parte montuosa dell’isola si trovano i pini di Aleppo, rifugio di diversi tipi di uccelli: l’aquila del bonelli, il martin pescatore, corvi. I cieli dell’isola di Marettimo sono inoltre attraversati anche dal nibbio, l’airone, il barbagianni, il falco pellegrino e il gabbiano reale del mediterraneo.
Nelle acque di Marettimo sono state avvistate dai pescatori alcuni esemplari di foca monaca che sembrava ormai scomparsa da queste acque.
