L’isola di Marettimo venne abitata per la prima volta probabilmente intorno al 5.000 a.C. Diversi reperti ritrovati sull’isola e conservati oggi nel museo del mare, lo testimoniano. Si tratta perlopiù di punte di frecce e schegge di ossidiana.
Risalenti all’800 a.C. sono invece molti resti scoperti nella spelonca carsica situata al disopra della grotta marina della pipa. Probabilmente Marettimo era un luogo d’appoggio per chi attraversava il mediterraneo e che qui trovava riparo e provviste.
Per Marettimo però, l’ingresso ufficiale sui libri di storia è datato 20 marzo 241 a.C., con la battaglia che pose fine alla prima guerra punica. Quel giorno, la flotta cartaginese venne sconfitta dai romani e fu firmato l’armistizio.
Da quel momento i romani fecero dell’isola un presidio militare a controllo della rotta tra la Tunisia e Roma. Di questo periodo storico ci rimangono le “Case Romane” un complesso monumentale situato nella parte alta dell’isola, vicino alla bellissima chiesa d’epoca normanna, voluta dai monaci Basiliani proprio in questo luogo per poter utilizzare i resti dell’edificio romano come monastero.
Di recente, inoltre, con ulteriori scavi sono stati trovati 5 massi, allineati tra loro, sui quali sono state fatte le più svariate ipotesi. Potrebbe trattarsi di un complesso monumentale, usato come orologio/calendario, per identificare il giorno il mese e l’anno in base l’inclinazione della luce solare.Sempre all’interno di quest’ area è stato rinvenuto un battistero, d’origine cristiana datato VI e VII secolo d.C.
Alla dominazione romana seguì l’invasione dei vandali, poi dei bizantini ed i saraceni. Probabilmente è da attribuire a questi ultimi la costruzione della torre di avvistamento sul promontorio di Punta Troia.
Ai saraceni seguirono gli arabi che rimasero a Marettimo per oltre un secolo, tanto da lasciare molti vocaboli relativi alla pesca e alla casa che sono adottati tutt’oggi.
La cacciata degli arabi fu ad opera del conte Ruggero D’Altavilla che nel 1078 portò la cristianità sull’isola.
I secoli successivi videro alternarsi: Svevi, Angioini e Spagnoli. Con questi ultimi Marettimo visse così come tutta la Sicilia un periodo di grande isolamento e sotto costante minaccia da parte di pirati che arrivavano da ogni dove per saccheggiare e danneggiare tutto ciò che si ritrovavano davanti. Tanto che gli abitanti di Marettimo furono costretti a vivere rifugiandosi nelle grotte dell’isola.
Nel 1637, gli spagnoli, ormai in bancarotta, furono costretti a lasciare Marettimo e a cederla al marchese di Genova Pallavicino.
Cominciò pian piano una lenta ma costante ripopolazione dell’isola, soprattutto alla fine del XVIII secolo sotto i Borbone che cercarono di riformare lo stato, rivalorizzandone il territorio.
Con la rivoluzione francese il castello di Marettimo divenne una prigione terribile, dove venivano portati i prigionieri politici.
Solo tra la metà e la fine dell’800 in un clima di pace portato da re Ferdinando II di Borbone e con l’arrivo della famiglia Florio in Sicilia, gli abitanti di Marettimo abbandonarono le grotte per costruire le proprie case in tufo.
La famiglia Florio diede una fortissima spinta sia economica che culturale alle Egadi, con la costruzione delle tonnare e con il rifiorire della coltivazione dei campi.